Il est indispensable de connaître et prendre conscience de l'évolution et de la vulnérabilité des habitats et de leurs espèces avant d'envisager leur protection ou leur gestion. Pour actualiser les connaissances sur les enjeux liés à la préservation de la biodiversité, le Conservatoire agit en étroite collaboration avec le réseau naturaliste départemental et régional. Ces échanges lui permettent d'orienter ses actions vers des objectifs de conservation prioritaires.
Lorsqu'un site est géré par le Conservatoire, un bilan des connaissances sur les espèces et habitats a lieu et permet de déterminer les enjeux de conservation en définissant les priorités d'actions et les outils de gestion les mieux adaptés. Les suivis scientifiques ciblant des espèces indicatrices orientent la pertinence des actions à mener.
